Фамилия Нечугуенко сразу обращает на себя внимание своей необычной конструкцией. В ней сочетаются сразу две яркие черты: украинский суффикс -енко, указывающий на происхождение по отцу («сын такого-то»), и редкая, почти глагольная основа «нечугуй». Если разобрать её по частям, получится «сын того, кого звали Нечугуй». А прозвище Нечугуй — это, скорее всего, бытовое, разговорное образование от словосочетания «не чугуй», то есть «не чванься, не задирай нос». В украинском языке слово «чугутися» или «чугувати» означает важничать, кичиться, быть спесивым. Соответственно, Нечугуй — это человек, которого окружающие охарактеризовали как скромного, негордого, или же, напротив, иронично прозвали так за показную простоту.

По модели образования фамилия типична для левобережной Украины, особенно для Полтавщины, Черниговщины и Сумщины, где фамилии на -енко в XVII–XVIII веках стали массово фиксироваться у казаков и крестьян. Суффикс -енко здесь выполняет роль патронимического маркера: Нечугуенко — буквально «Нечугуев сын». Интересно, что в отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иваненко, Петренко), эта отталкивается от прозвища с яркой негативной или предупредительной окраской. Такие «отпрозвищные» фамилии встречаются реже, и Нечугуенко — один из живых примеров того, как бытовая характеристика человека закреплялась в родовом имени.

Встречаются и альтернативные трактовки. Можно предположить, что в основе лежит не глагол, а диалектное слово «чуга» — так в некоторых говорах называли длинный кафтан или верхнюю одежду. Тогда «нечугуй» могло означать человека, который не носил чугу, то есть одевался не по обычаю. Однако эта версия менее убедительна: слово «чуга» в украинском языке почти не фиксируется в таком значении, а глагольная основа «чугуватися» широко известна в народной речи. Поэтому версия с «не чванься» выглядит и логичнее, и этимологически прозрачнее.

Фамилия не относится к числу распространённых, но встречается на востоке Украины и в южных областях России, куда переселялись украинские крестьяне и казаки в XIX веке. Носители фамилии — потомки тех, кого в своё время прозвали Нечугуем за нрав или внешность. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным историческим родам нет: это фамилия крестьянская и казачья, бытовая, без громкой родословной.