Фамилия Недоря — редкий случай, когда прозвище сохранилось почти в первозданном виде, не обросло типовыми суффиксами. Она образована напрямую от личного прозвища Недоря. В русском языке слово «недоря» или «недорядь» означало человека нерадивого, неаккуратного в делах, того, кто «не до рядит» — не приводит в порядок, не умеет навести лад. Корень здесь тот же, что в словах «ряд», «порядок», «рядить» (управлять, улаживать). Прозвище давали либо ленивому хозяину, либо человеку, который всё делал кое-как, небрежно.

Обратите внимание на модель: фамилия на -я, а не на -ов или -ин. Это так называемая «неоформленная» фамилия — патроним или прозвище, застывшее в именительном падеже. Такие фамилии типичны для украинской, белорусской и южнорусской традиции (сравните: Нехода, Непийвода, Заброда). Недоря могла закрепиться именно в этих регионах, где прозвища часто переходили в фамилии без дополнительных суффиксов. В северных и центральных областях России от того же корня возникли бы формы Недорин, Недорядкин или Недорядов.

Версия о происхождении от глагола «недореть» (недозреть, не успеть) менее убедительна: она не объясняет окончания на -я, которое указывает на существительное, а не на причастие. Связь с диалектным «недоря» — «недозрелый плод» — возможна, но в основе фамилии, скорее всего, лежит именно характеристика человека, а не предмета. Таким образом, предок носителя фамилии Недоря с большой вероятностью получил своё прозвище за нерасторопность или неспособность навести порядок в хозяйстве.