Фамилия Недра — редкий случай, когда основа совпадает с нарицательным словом, но не в прямом, а в переносном или профессиональном смысле. Сразу скажем: прямого отношения к «недрам земли» у неё, скорее всего, нет. В русской ономастике фамилии, образованные от географических терминов в чистом виде, встречаются, но обычно они указывают на место жительства (например, Гора, Болото). С «недрами» такая версия маловероятна — слово книжное, в народной речи до XIX века почти не употреблялось в значении «внутренности земли». Чаще оно означало «внутренность, утроба» в переносном смысле.

Гораздо правдоподобнее, что фамилия Недра — это фонетический или орфографический вариант от прозвища Недрый. В русских говорах «недрый» — человек нещедрый, скупой, прижимистый. Модель образования проста: прозвище Недрый (с суффиксом -ый, характерным для качественных прилагательных) со временем превратилось в фамилию Недра через усечение окончания или под влиянием акающего произношения. В некоторых регионах, особенно на юге и западе России, «недрый» звучало как «недрай», а затем закрепилось в форме «Недра». Подтверждение этой версии — фамилии-аналоги: Щедра (от «щедрый»), Мила, Зла — все они образованы от кратких прилагательных, характеризующих человека.

Есть и вторая, более редкая гипотеза: связь с глаголом «недрить» — в диалектах это означало «зарывать, прятать, убирать вглубь». Тогда Недра — прозвище человека, который что-то прячет, либо, в профессиональном контексте, того, кто работает в шахте или руднике. Но эта версия слабее: слово «недрить» узкорегиональное, а фамилия Недра фиксируется в переписях не только в горнозаводских районах, но и в центральных губерниях, где шахт не было.

Суффикса в современном окончании нет — это чистая основа. По типу фамилия относится к группе несклоняемых (как Кузьма, Варнава), но в мужском варианте может склоняться: Недры, Недре. Женский вариант — Недра (несклоняемая). География бытования неширокая: фамилия встречается в Тверской, Псковской и Смоленской областях, а также среди украинцев и белорусов, где аканье и редукция окончаний — норма. Известных носителей в истории нет, что подтверждает её локальный и, вероятно, крестьянский характер: предки были либо скуповатыми хозяевами, за что и получили прозвище, либо людьми, жившими в глуши, в «недрах» лесов.