Фамилия Нефедченкова — женская форма от Нефедченков, а та, в свою очередь, образована от мужского имени Нефед. Это народная, обиходная форма канонического крестильного имени Мефодий (в переводе с греческого — «идущий по следу», «разыскивающий»). В русском языке имя Мефодий прошло долгий путь упрощения: сначала оно превратилось в Нефёд (через отпадение начального слога и переход «м» в «н» под влиянием простонародного произношения), а затем появились уменьшительные и производные формы.

Особенность фамилии — необычный суффикс -ченк-. Он встречается реже, чем стандартные -ов/-ев или -ин. В основе лежит форма Нефедченко — типичное украинское или южнорусское отчество, означавшее «сын Нефеда» (или, точнее, «маленький Нефед»). Суффикс -енко широко распространён на левобережной Украине, в Слобожанщине и в южных областях России. Фамилия Нефедченков, таким образом, — это обрусевший вариант украинской фамилии, который на русской почве получил дополнительный патронимический суффикс -ов. Двойное суффиксальное оформление — явление нечастое; оно указывает на то, что носители фамилии переселились из украинских земель в великорусские губернии, где их родовое прозвание адаптировали под местную модель (добавив -ов).

По сословной принадлежности предки Нефедченковых, скорее всего, были крестьянами или казаками. Фамилии на -енко в XVIII–XIX веках редко встречались у дворян, зато массово фиксировались среди сельского населения Малороссии и южных уездов России. Встречается фамилия и в форме Нефедченко — без наращения -ов; обе ветви происходят от одного корня, но разошлись из-за разной административной и языковой среды.

В написании фамилии стоит обратить внимание на букву «ё»: исторически правильное произношение — Нефёдченкова, через «ё», так как исходное имя Нефёд. Однако в паспортах и документах часто пишут «е» из-за правил русской орфографии (букву «ё» в советское время систематически заменяли). Поэтому если вы ищете предков, стоит проверять оба варианта — с «ё» и с «е».