Основой фамилии Негодяев послужило мирское имя Негодяй. Фамилия Негодяев восходит к нецерковному мужскому личному имени Негодяй, которое в настоящее время имеет значение «непригодный к чему-либо». Вдова одного помещика, даря деревню монастырю, писала в дарственной грамоте: «по приказу мужа и господина моего Негодяя...». Известно, что имя Негодяй употреблялось в качестве «охранительного», чтобы обмануть и оттолкнуть «злого духа», охотящегося за хорошим ребенком. Поэтому у славян совершенно обычными были такие имена, которые теперь воспринимаются как оскорбительные: Дурак, Некрас, Негодяй. В «Ономастиконе» С.Б.Веселовского мирское имя Негодяй и фамилия Негодяев зафиксированы неоднократно: Негодяй, крестьянин, 1501 г., Ростов; Верига Негодяев, судья, 1550 г., Рязань; Калина Негодяй Сергеев, холоп, 1594 г., Новгород; Иван Негодяев, холоп, 1602 г., Новгород. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Негодяй, со временем получил фамилию Негодяев.