Фамилия Негодяй звучит сегодня как оскорбление, но в основе её лежит не брань, а древний оберег. Прозвище Негодяй происходит от прилагательного «негодный», то есть «непригодный к чему-либо». В старину так называли детей вовсе не для того, чтобы унизить. Славяне верили, что злые духи охотятся за лучшими, здоровыми младенцами, поэтому родители нарекали ребёнка «плохим» именем, чтобы обмануть нечистую силу и защитить его. Считалось, что дух пройдёт мимо «негодного» дитя, не позарившись на него. В этом же ряду стоят привычные для древнерусских документов имена Дурак, Некрас, а также фамилии, от них образованные.

Прозвище Негодяй фиксируется в исторических источниках с XVI века, и это не единичные случаи. В труде С. Б. Веселовского упоминаются однокоренные фамилии и прозвища, что подтверждает их распространённость в разных слоях общества. Например, в 1550 году в Рязани действовал судья Верига Негодяев. В Новгороде в 1594 году упоминается холоп Калина Негодяй Сергеев, а в 1602 году — Иван Негодяев, также холоп. Эти записи показывают, что прозвище бытовало и среди служилых людей, и среди зависимого населения, причём на довольно обширной территории.

Суффикс -ев в фамилии указывает на притяжательную модель образования: Негодяев означало «сын Негодяя» или «человек из рода Негодяя». Сама же фамилия в форме Негодяй, без патронимического суффикса, могла закрепляться за человеком напрямую, как второе имя, и затем передаваться потомкам уже в неизменном виде. Такая модель характерна для древнейшего пласта русских фамилий, которые фиксировались без дополнительного оформления.

Со временем первоначальный охранительный смысл стёрся, и слово «негодяй» приобрело современное отрицательное значение. Однако в фамилии сохранилась память о той эпохе, когда имя должно было отвести беду, а не описать характер человека. Поэтому носитель фамилии Негодяй может с полным правом считать, что его предки были людьми осторожными и суеверными, но вовсе не злодеями.