Фамилия Нехаеко — редкий случай, когда на первый взгляд очевидное славянское происхождение на поверку оказывается лишь одной из версий. Сразу бросается в глаза, что фамилия не вписывается в стандартные русские словообразовательные модели: нет привычных суффиксов -ов/-ев, -ин, -ский. Окончание -еко характерно для украинских фамилий, где оно является вариантом уменьшительно-ласкательного суффикса (ср. Бондаренко, Коваленко). Однако основа «Неха-» здесь необычна.

Самая вероятная версия связывает фамилию с древнерусским глаголом «нехати» — не заботиться, не обращать внимания, пренебрегать. В диалектах встречалось и слово «нехай» в значении «пусть», «ладно». Таким образом, Нехаеко первоначально могло быть прозвищем человека беспечного, нерадивого, или, напротив, того, кто не придавал значения мелочам, жил по принципу «нехай будет так». Суффикс -еко в таком случае превращал прозвище в фамилию по той же модели, что и, например, фамилия Гуляеко (от «гулять»).

Есть и вторая, менее очевидная гипотеза. В некоторых южнорусских и украинских говорах «нехай» употреблялось как междометие, выражающее уступку или разрешение. Прозвище Нехай могли дать человеку, который часто употреблял это слово в речи, этакий «попуститель». Фамилия Нехаеко тогда — это «сын Нехая», то есть патроним, образованный через суффиксацию от личного прозвища отца. Географически фамилия тяготеет к юго-западным регионам бывшей Российской империи — современным Украине и Беларуси, а также к приграничным русским областям.

Спорным остаётся вопрос, была ли эта фамилия изначально крестьянской или казачьей. Судя по модели образования (без дворянских суффиксов) и по семантике основы, скорее всего, она возникла в среде простого люда, где прозвища давались по характеру или привычке. В сословных списках XIX века носители фамилии Нехаеко почти не встречаются среди дворянства, что косвенно подтверждает её народное происхождение. Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия редкая, и её обладатели, вероятно, происходят из одного или нескольких смежных родов, разошедшихся по разным губерниям.