Фамилия Неклюдин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, не просто описывает человека, а прямо говорит о его социальном статусе или жизненном раскладе. В её корне лежит древнерусское неклюжий, то есть «негодный, непригодный, неудачный». В словаре Даля «неклюжий» — это «неуклюжий, неловкий», а также «некрасивый, дурной лицом». Однако в контексте фамилии, скорее всего, имелось в виду не физическое уродство, а неспособность к крестьянскому труду или службе — этакий «неклюжий работник», от которого в хозяйстве мало проку.

По модели образования это типичная патронимическая фамилия на -ин: Неклюд — разговорная, сокращённая форма от того же «неклюжий». Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Неклюда». Получается, что родоначальник Неклюдиных был человеком, которого в миру дразнили Неклюдом — невезучим, нерасторопным или просто не подходящим для серьёзных дел.

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Неклюдин стоит в ряду так называемых «охранительных» прозвищ. В древности родители могли нарочно дать ребёнку имя-оберег с негативным значением — чтобы злые духи не позарились на «негодного» и оставили его в покое. Поэтому не исключено, что первый Неклюд получил своё прозвище при рождении, а не в зрелом возрасте за реальные недостатки.

Фамилия довольно редкая и имеет ярко выраженную географическую привязку. Основной массив Неклюдиных исторически сосредоточен на Русском Севере: в Архангельской, Вологодской областях, в Карелии. Встречается она и в Поволжье, но значительно реже. Это согласуется с тем, что северные говоры дольше сохраняли архаичную лексику, и слово «неклюжий» там бытовало активнее, чем в центральных регионах.

Однокоренных фамилий немного, и все они того же ряда: Неклюдов (с суффиксом -ов, более распространённый вариант), Неклюев, Неклюжев. Неклюдов, кстати, встречается гораздо чаще, и именно его носители — дворяне, упомянутые в родословных книгах. А вот Неклюдины, судя по всему, оставались в основном крестьянским и мещанским сословием, без громких исторических титулов.