Фамилия Нелидин относится к древнему пласту русских фамилий, образованных от мирских имен. В ее основе лежит имя Нелид — вариант канонического крестильного имени Леонид. Греческое имя Леонидас составлено из слов «леон» (лев) и «идеа» (вид, облик), поэтому буквально переводится как «сын льва» или «подобный льву». Покровителем имени считают мученика Леонида Коринфского, казненного за проповедь христианства: по преданию, его утопили в море в первый день Пасхи.

Интересно, что форма Нелид возникла в народной среде как упрощение непривычного для древнерусского уха имени. В документах XV–XVI веков встречаются разные носители этого имени: Нелидко, ключник Бутурлиных, жил в начале XV века в Пошехонье; Степан Яковлевич Нелидов упоминается в 1470 году в Дмитрове; Грипун Леонтьевич — в 1537 году в Костроме. Эти записи показывают, что имя было распространено на северо-востоке Руси, в землях будущего Московского царства.

Словообразовательная модель проста: к основе Нелид добавили патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность роду. Первоначально фамилия отвечала на вопрос «чей сын?» — Нелидин означало «сын Нелида». Позже форма закрепилась как наследственная фамилия, и потомки человека по имени Нелид получили ее без изменений.

Существует версия, что Нелид могло быть самостоятельным мирским именем, не связанным с Леонидом. В древнерусской традиции часто давали имена-обереги с отрицательной частицей «не»: Некрас, Неждан, Немир. Нелид в этом ряду могло означать «нелицемерный» или «неленивый». Однако эта гипотеза менее убедительна: в ономастических трудах, включая работы С. Веселовского, форма Нелид устойчиво связывается именно с крестильным Леонидом.

Точное время возникновения фамилии определить сложно — процесс становления русских фамилий растянулся на столетия. Но уже к XVI веку форма Нелидин встречается в писцовых книгах, а к XVII–XVIII векам закрепляется окончательно. Фамилия сохранила архаичное звучание и сегодня воспринимается как редкая, хотя ее корни уходят в глубину славянской письменности и культуры.