Фамилия Неманков — один из тех случаев, когда за привычным звучанием скрывается неожиданная география. Вопреки догадкам, её корень — не «немой» и не «немец». Основа здесь топонимическая: река Неман, одна из крупнейших в Восточной Европе. Человек, живший на её берегах или переселившийся оттуда, получал прозвище Неманец или Неманко. В польской и белорусской традиции уменьшительная форма на -ко (Неманко) была распространённым способом назвать выходца с определённой территории. При переходе в великорусскую среду фамилию переоформили по модели -ков: Неманко → Неманков, то есть «сын Неманка» или «из семьи Неманков».

Суффикс -ов указывает на относительно позднее оформление фамилии, скорее всего, не ранее XVII века. Судя по ареалу распространения, Неманковы — это не столичные дворяне, а крестьяне или однодворцы из западных губерний: Смоленской, Могилёвской, Витебской. Именно там, на границе с Беларусью и Литвой, река Неман дала жизнь множеству окрестных фамилий: Неманский, Неманов, Неманчук. Неманков стоит в этом ряду особняком — он более русифицирован.

Есть и другая, менее вероятная версия: от канонического имени Неман (редкая форма от Неемия, библейского персонажа). Но она плохо подтверждается: в святцах это имя встречается крайне редко, а на бытовом уровне его почти не использовали. Поэтому именно «речной» след — основной. Фамилия нечастая, но устойчивая: в современных телефонных справочниках и базах данных она встречается в Тверской, Псковской и Московской областях — там, куда в XIX веке переселялись крестьяне из западных губерний в поисках земли.