Фамилия Ненко звучит как украинская или южнорусская, и это первая подсказка. Её основа — Нен- — в славянских языках обычно восходит к глаголу «нети» (устар. «нить», «тянуть») или к корню со значением «нежный», «мягкий». Но в данном случае куда вероятнее, что перед нами производное от личного имени Ненаш или Неня — сокращённых форм от Арсений, Евгений или даже от старого славянского имени Ненад (означало «неожиданный», «нежданный»). Суффикс -ко типичен для украинских фамилий: он указывал на уменьшительно-ласкательную форму или на принадлежность к роду (буквально «маленький Неня», «сын Нени»). Так что первый носитель фамилии, скорее всего, был сыном или внуком человека по имени Неня.

Есть и менее очевидная версия: в некоторых говорах «неня» — это диалектное обращение к матери (от «няня», «ненька»). Тогда прозвище Ненко мог получить ребёнок, который слишком часто звал мать, или, наоборот, мальчик, воспитанный одной матерью. Однако эта гипотеза слабее: фамилии от родственных терминов вроде «батько», «матяш» встречаются, но редко, и обычно имеют другую словообразовательную модель.

Географически фамилия Ненко чаще всего встречается в Черниговской, Полтавской и Сумской областях Украины, а также в приграничных районах России (Брянская, Курская области). Это подтверждает её украинское происхождение: суффикс -ко в этих краях был основным способом образования фамилий от крестильных имён и прозвищ. В документах XVII–XVIII веков могли писать «Ненченко» или «Ненков» — форма Ненко закрепилась как усечённый вариант, типичный для казацкой среды.

С точки зрения социального статуса, предки современных Ненко — скорее всего, крестьяне или казаки. Фамилия недворянская, без приставок и окончаний на -ский, что указывает на непривилегированное сословие. В ревизских сказках и исповедных ведомостях XIX века Ненко встречаются среди государственных крестьян и мещан, реже — среди однодворцев. Знаменитых носителей в истории нет, но это не редкость для фамилий такого типа: они ценны не громкими именами, а живой связью с бытом и языком Малороссии.

Итог простой: Ненко — украинская фамилия от личного имени Неня (уменьшительное от Арсений, Евгений или Ненад), образованная с помощью патронимического суффикса -ко. Носитель такой фамилии мог быть сыном Нени, а его родня — выходцами из левобережной Украины.