Фамилия Непопова — это редкий случай, когда фамилия строится по модели с отрицанием. Она женская, мужской вариант — Непопов. С точки зрения словообразования, здесь работает приставка «не-» и суффикс «-ов», указывающий на принадлежность (буквально: «чей?» — Непопов). Основа — слово «поп», то есть священник. В отличие от распространённых Поповых, Непоповы — это люди, которых так назвали, чтобы подчеркнуть: они не имеют отношения к духовному сословию.

Скорее всего, прозвище «Непоп» давали в крестьянской или мещанской среде. Причин могло быть несколько: либо человек открыто не ходил в церковь, либо не признавал авторитет местного священника, либо, наоборот, в его роду не было ни одного попа — и это считалось достоинством. В некоторых регионах так могли прозвать и самого священника, который вёл себя не по сану — «не настоящий поп». Но эта версия менее вероятна: прозвища с отрицанием чаще давали мирянам, а не клиру.

Фамилия Непопов встречается редко, её географический центр — юг России, особенно Ростовская область и Краснодарский край, а также Украина. В дореволюционных переписях она почти не фиксируется в центральных губерниях, что говорит о её локальном, возможно, казачьем происхождении. В казачьей среде, где ценилась независимость, прозвище «Непоп» могло означать человека, не подчиняющегося церковной иерархии.

Интересно, что в некоторых говорах слово «непоп» имело бытовое значение — так называли человека, который берётся за дело, не будучи специалистом, дилетанта. Но для фамилии эта версия вторична: в основе всё же лежит противопоставление «поп — не поп». По сути, Непоповы — это анти-Поповы, и такая фамилия несёт в себе не столько отрицание, сколько утверждение своей социальной или мировоззренческой позиции.