Фамилия Непоп образована от прозвища с отрицательной приставкой «не-» и нарицательного «поп», то есть священник. Прямое значение — «не поп», человек, который либо не имеет отношения к духовному сословию, либо, наоборот, связан с ним, но как-то не так.

Разберем словообразовательную модель. Приставка «не-» в русских прозвищах часто работала не как простое отрицание, а как указание на противоположность или несоответствие ожидаемому. Нёпоп — это не обязательно «тот, кто не служит в церкви». Скорее, так могли назвать человека, который имел отношение к приходу, но не выполнял своих обязанностей как следует: плохой работник, нерадивый служка, дьячок, не прошедший посвящения, или сын священника, не пошедший по стопам отца.

Вторая версия, более житейская, связана с ироничным отношением к духовенству на Руси. Про попов сложено множество пословиц и поговорок, и почти все они высмеивают жадность, лень или лицемерие: «У всякого попишки свои тёмные делишки», «Попу лишь палец покажи — а уж он найдёт, какой в том грех», «Мало в попы идёт за Иисуса, всё больше — из-за хлеба куса», «Поп смирен духом, да велик брюхом». В этом контексте прозвище Непоп могло закрепиться за тем, кто вёл себя неподобающе для священника, или, наоборот, за человеком, который подчёркнуто сторонился церкви и поповского сословия.

Есть и третья возможность: «непоп» как человек, который выдавал себя за попа или пытался им притворяться, но таковым не являлся. В этом случае прозвище носило бы оттенок насмешки над самозванцем.

Сам суффикс в фамилии отсутствует — она оформлена как чистая основа прозвища, что для русских фамилий редкость. Обычно добавляли -ов, -ин или -ский, но здесь форма осталась нетронутой, как, например, в фамилиях Непейвода или Неумывакин. Это указывает на то, что прозвище было ёмким и самодостаточным, его не стали переделывать.

Точно сказать, какой из вариантов верен для конкретного рода Непоп, нельзя без генеалогических изысканий. Но наиболее правдоподобной выглядит версия о прозвище, данном за несоответствие образу священника — либо по поведению, либо по роду занятий. Фамилия редкая, и её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких разрозненных крестьянских или мещанских родов, где прозвище закрепилось за предком в XVI–XVII веках.