Фамилия Непопов с первого взгляда кажется простой: частица «не» плюс основа «поп». Но именно эта частица и задаёт главную загадку. В русских фамилиях приставка «не-» обычно указывает на отрицание или противопоставление, и Непопов — не исключение. Самая прямая версия: предка так прозвали потому, что он не был попом, то есть не принадлежал к духовному сословию. В среде, где фамилии часто давали по профессии или социальному статусу, такой «отрицательный» указатель мог закрепиться за крестьянином или мещанином, который жил рядом с церковным причтом, но сам не служил.

Однако есть и другой, более сложный смысл. В некоторых говорах и в старых документах «непопом» могли назвать человека, который по каким-то причинам вышел из духовного звания — расстригу, бывшего священника, лишённого сана. В этом случае фамилия фиксирует не столько «непринадлежность», сколько «утрату» статуса. Такая версия подтверждается редкой, но устойчивой моделью: в русской ономастике есть и другие «отрицательные» фамилии, например Некрасов (не красивый, а некрасивый) или Несмеянов (не смеющийся). Но если Некрасовым часто называли ребёнка в качестве оберега от злых сил, то Непопов — это скорее социальный ярлык, а не обережное имя.

Словообразовательно фамилия построена по стандартной модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Непопов, то есть сын или потомок Непопа. Суффикс -ов типичен для русских фамилий центральных и северных губерний. Географически Непоповы встречаются преимущественно в южнорусских и поволжских регионах, где было много старообрядцев. В старообрядческой среде, которая сознательно дистанцировалась от официального духовенства, прозвище «непоп» могло иметь даже положительный оттенок — как указание на принадлежность к беспоповскому толку, где не признавали священников. Так что носитель фамилии мог быть не просто «не попом», а сознательным противником церковной иерархии.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» Непопов не упоминается как отдельная статья, но модель с приставкой не- описана подробно. Встречаются и варианты написания — Непопов, реже Непоповъ. В целом фамилия редкая, не входит в сотни самых распространённых, но её носители чётко локализованы: по данным современных телефонных справочников, чаще всего она встречается в Ростовской, Волгоградской областях и в Краснодарском крае. Таким образом, Непопов — это не случайное сочетание слов, а меткое прозвище, которое в разных обстоятельствах могло означать и «сын крестьянина, не ставшего попом», и «потомок расстриги», и «человек из старообрядческого согласия».