Фамилия Нешина образована от мужского имени или прозвища Неша, и у этой основы есть две версии происхождения. Первая, более традиционная, возводит имя Неша к просторечной форме крестильного имени Нестор. В переводе с греческого оно означает «вернувшийся домой» — так называли моряков, которые благополучно возвращались из дальних плаваний. В церковном календаре имя Нестор связано с несколькими святыми: преподобный Нестор Летописец, автор «Повести временных лет», творивший в Киево-Печерском монастыре; священномученик Нестор, епископ Магидийский, распятый на кресте в Пергаме во время гонений императора Деция; и святой мученик Нестор, который по молитвам Димитрия Солунского победил в поединке языческого бойца, убивавшего христиан, и был казнен в 306 году. Имя было довольно распространено в простонародной среде, поэтому, скорее всего, основатель рода Нешиных происходил из простого сословия, а не из знати.

Вторая гипотеза связывает прозвище Неша с украинским глаголом «несить» — то есть «не насыщаться». В таком случае прозвище давали человеку, которого трудно накормить, который всегда голоден и не удовлетворяется ничем достигнутым. Чередование согласных с/ш здесь не случайно: оно стало результатом естественных исторических процессов, происходивших в языке, когда звук [с] перед гласным переднего ряда смягчался и переходил в [ш]. Эта версия менее распространена, но она объясняет появление именно формы «Неша», а не «Неста» или «Нестер».

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Нешин — это «сын Неши», «человек из рода Неши». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имен и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. В женском роде фамилия звучит как Нешина, и это чисто грамматическое различие, не меняющее исторического смысла.

Интересно, что фамилия Нешин встречается реже, чем ее «родственники» — Нестеров, Несторов, Нестеренко. Это говорит о том, что форма Неша была локальной, возможно, диалектной. Если первая версия верна, то фамилия сохранила память о древнем именовании, которое почти исчезло из обихода. Если же верна вторая, то за фамилией стоит живое прозвище, которое подмечало особенность характера или поведения человека — например, его неуемный аппетит или ненасытность в делах. Обе трактовки имеют право на существование, но первая, с именем Нестор, выглядит более убедительной, поскольку прозвища с отрицанием «не» в основе встречаются реже, чем сокращенные формы крестильных имен.