Фамилия Нежин напрямую связана с прозвищем Нежа, а оно, в свою очередь, — с названием старинного украинского города Нежина. Так могли называть уроженца или жителя этих мест: распространённая модель, когда человек, переехавший в другое село или губернию, получал прозвище по месту прежнего жительства. Потомки такого Нежи со временем и закрепили за собой фамилию Нежин.

История названия города добавляет фамилии глубины. Впервые Нежин упоминается в грамоте польского короля Сигизмунда III Вазы от 1625 года. Этим документом городу предоставлялось Магдебургское право — самоуправление, привилегия по тем временам серьёзная. Тогда же утверждался и герб: на нём изобразили святого великомученика Георгия Победоносца на коне, в доспехах, поражающего копьём змея. Примечательно, что сам Нежин в ту пору был городом новосёлым, возникшим на месте более древнего поселения Уненежа. Получается, что фамилия хранит память не только о человеке, но и о целом пласте истории: о пограничье, казачестве и землях, переходивших из рук в руки.

Словообразовательная модель здесь простая и понятная: основа Неж- (усечённый вариант от Нежин) плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Отвечает такая фамилия на вопрос «чей?» — то есть «сын Нежи». Аналогично строились фамилии от названий городов: Москвин, Тверитин, Казанин. Правда, в случае с Нежиным есть нюанс: суффикс -ин мог присоединяться и напрямую к основе прозвища Нежа, которое, в свою очередь, уже произошло от топонима. Обе версии ведут к одному корню, и вторая выглядит даже более естественной для живой разговорной речи.

Менее вероятно, хотя и не исключено, что прозвище Нежа имело иной смысл — например, восходило к древнерусскому глаголу «нежить» в значении «ласкать, баловать». Так могли назвать изнеженного или любимого ребёнка. Но в случае с фамилией Нежин географическая привязка выглядит убедительнее: слишком уж точное совпадение с названием известного города. К тому же фамилия эта встречается преимущественно в регионах, исторически связанных с Малороссией и южнорусскими землями, что косвенно подтверждает топонимическую версию.

Сегодня фамилия Нежин не слишком распространена, но и не редка. Носители её живут по всей России и в Украине, и для каждого из них фамилия — короткий маркер, указывающий на предка, который когда-то покинул стены города с гербом Георгия Победоносца.