Фамилия Нежины чаще всего отсылает к старинному украинскому городу Нежин. Так могли прозвать человека, который оттуда родом или долго там жил: в эпоху формирования фамилий выходцам из других мест часто давали прозвище по названию их родины. Потомок такого человека, носившего прозвище Нежа, со временем получал фамилию Нежин, а его дети и внуки уже записывались как Нежины.

История самого города добавляет этой версии веса. Нежин — один из древнейших городов Черниговщины, он известен с XI века. В летописях он упоминается как Уненеж, и это название, по мнению исследователей, может иметь балтские корни. После монгольского разорения город на несколько столетий исчезает из письменных источников и вновь появляется лишь в начале XVII века, когда эти земли вошли в состав Речи Посполитой. Именно тогда, в период активного заселения Левобережной Украины, прозвище Нежа могло закрепиться за переселенцами и распространиться дальше на север, в русские земли.

Менее убедительная, но возможная версия связывает основу фамилии с древнерусским некалендарным именем Нежко или Нежа. В старину такие имена давали не для того, чтобы обидеть, а чтобы обмануть злых духов: считалось, что ребёнок с «нежным», ласковым именем вырастет здоровым и крепким. Однако для фамилии Нежин эта гипотеза выглядит вторичной: слишком очевидна связь с конкретным и хорошо известным топонимом.

Словообразовательно фамилия проста и прозрачна. Основа Нежин — это притяжательное прилагательное от прозвища Нежа, то есть «сын Нежи». Суффикс -ин указывает на принадлежность к отцу, и такая модель была самой распространённой в северных и центральных русских землях. Поэтому можно предположить, что, возникнув на украинской почве, фамилия уже в русском языке приобрела привычную форму, а её носители расселились по разным губерниям.

О точном времени и месте возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования фамилий у славян растянулся на несколько столетий, и документальные свидетельства часто утрачены. Но в любом случае фамилия Нежин — это живой след миграций и культурных связей между украинскими и русскими землями, а её носители могут считать себя наследниками давней традиции именовать человека по родной земле.