Фамилия Ничкин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от основы на -а/-я с помощью патронимического суффикса -ин. Это значит, что в её основе лежит личное имя или прозвище Ничка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ничкин буквально означало «сын Нички» или «человек из рода Нички».

Само имя Ничка — это краткая, уменьшительная форма от целого ряда крестильных имён: Никита, Никодим, Николай, а также, возможно, от более редкого Никандр. В быту такие сокращения были обычным делом: полное имя звучало официально, а в семье и среди соседей человека звали Ничка. Поэтому фамилия Ничкин, скорее всего, «внук» или «правнук» человека, которого в обиходе называли Ничкой. Среди однокоренных фамилий — Никитин, Никодимов, Никольский, но Ничкин стоит особняком: он образован не от полной, а от разговорной формы, что говорит о неформальном, деревенском происхождении.

Есть и другая, менее очевидная, но любопытная версия. В русских говорах слово «ничка» могло означать «низкое место, ложбина» или «тайник, потайной мешок». Если прозвище Ничка закрепилось за человеком, жившим в низине, или за тем, кто прятал вещи, фамилия получила бы ту же форму. Однако эта версия менее вероятна: прозвища от географических объектов редко образуют уменьшительные формы с суффиксом -к-, а вот сокращение имён — дело повсеместное.

Фамилия Ничкин не относится к числу аристократических. Она не встречается в старых боярских списках или родословных книгах. Её носители — это, скорее всего, крестьяне или посадские люди из центральной России и Поволжья. Встречается она и сегодня, но остаётся довольно редкой, что неудивительно: имя Ничка давно вышло из употребления, и фамилия всё меньше ассоциируется с живым именем, превращаясь в «тёмную» для носителя.