Фамилия Никалиев — редкий случай, когда на стыке разных языковых традиций образовалась форма, не укладывающаяся в одну простую схему. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать сразу два компонента: основу и суффикс.

Основа «Никал-» почти наверняка восходит к крестильному имени Николай (от греческого «никос» — победа и «лаос» — народ, то есть «победитель народов»). В русской народной среде имя Николай давало множество производных форм: Ника, Никаша, Никола, Микола. Форма «Никал» — одна из сокращённых, характерная для южных и западных регионов, где аканье и упрощение звучания были нормой. В украинском и белорусском языках имя Николай часто звучало как Микола, но вариант «Никал» мог возникнуть и под влиянием тюркских языков, где начальное «Н» сохранялось чётче.

Суффикс «-иев» — это адаптированная форма славянского притяжательного суффикса «-ев», но с характерным для некоторых фамилий изменением гласного. В русской ономастике суффикс «-ев» присоединялся к основам на мягкий согласный или «й». Однако «Никалиев» выглядит так, будто к основе «Никал» добавили не «-ев», а «-иев». Это могло произойти под влиянием фамилий на «-иев» от имён на «-ий» (например, Василий — Васильев, но в просторечии — Василиев). Либо перед нами результат русификации фамилии, пришедшей из другой языковой среды. Например, в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) существует модель образования фамилий от имён через суффикс «-иев» или «-улы/-кызы», но в русском варианте она могла оформиться как Никалиев.

Таким образом, наиболее правдоподобная версия: Никалиев — это «сын Никала», то есть потомок человека, которого в быту звали Никал (от Николая). Фамилия могла сложиться в смешанной среде, где русские переселенцы соседствовали с тюркскими народами, или в южнорусских губерниях, где аканье и влияние украинского языка меняли облик многих имён.

Географически фамилия встречается редко, но её следы можно найти в Поволжье (особенно в Татарстане и Башкирии) и в южных областях России (Ростовская, Волгоградская области). Это не дворянская и не старинная боярская фамилия — она возникла в среде крестьян и мещан, где отчество или прозвище отца закреплялось за детьми как фамильное имя. Сословной принадлежности, отличной от простого народа, у Никалиевых, скорее всего, не было.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Никалиев стоит в одном ряду с Никаловым, Никашиным, Никольским и Никулиным. Но отличие в том, что «Никалиев» сохранил более архаичную и редкую форму основы, не стёртую до привычного «Никулин». Это делает фамилию своеобразным лингвистическим документом: она показывает, как в просторечии имя Николай могло звучать и видоизменяться вдали от столичных норм.