Фамилия Никаншина — женская форма, а мужская, Никаншин, образована от имени или прозвища Никанша. Сама основа неочевидна, и здесь скрыт главный интерес: перед нами не стандартное крестильное имя, а, скорее всего, уменьшительно-ласкательная форма в ряду других, более известных. Если взять полное каноническое имя Никандр (греческого происхождения, означает «победоносный муж»), то в народной речи оно легко превращалось в Никандра, а затем и в Никаня, Никашу. Никанша — ещё одна ступень такого упрощения, с характерным суффиксом -ш-, который в русских говорах часто придавал именам фамильярно-ласковый оттенок (сравните: Паша, Маша, но также и Гриша от Григория).

По другой, менее вероятной, но возможной версии, Никанша могло быть прозвищем, образованным от глагола «никать» (опускать голову, клониться вниз, унывать). В таком случае прозвище давали человеку тихому, робкому или сгорбленному. Однако в пользу первой версии говорит распространенность фамилий на -ин именно от крестильных имён: Никаншин стоит в одном ряду с Никаноровым, Никитиным и другими, но выделяется редкой формой основы.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Никаншин — «сын Никанши». Фамилия эта нечастотная и географически привязана к центральным и северным областям России, где была сильна традиция бытовых уменьшительных имён. Встречается она в основном в Тверской, Ярославской, Вологодской губерниях, а также в Поволжье. Сословного барьера у неё не было: Никаншиными могли быть и крестьяне, и мещане, и священнослужители, взявшие фамилию по имени отца или деда.

Одно из ранних упоминаний фиксируется в писцовых книгах XVI века, где среди землевладельцев Новгородской земли значится некий Никанша — это подтверждает, что имя бытовало задолго до официального закрепления фамилий. Таким образом, предок современных Никаншиных, скорее всего, носил редкое, но живое русское имя, которое в официальных документах почти не сохранилось, но осталось в фамилии.