Фамилия Никаншин образована от имени Никанша — разговорной, обиходной формы крестильного имени Никандр (в переводе с греческого — «победоносный муж»). Имена на -др в народной речи часто сокращались и переосмыслялись: Никандр превращался в Никана, а затем в Никаншу. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Никаншин буквально значит «сын Никанши», то есть потомок человека, которого в быту звали Никанша.

Интересно, что при совпадении с каноническим Никандром у фамилии есть и другая возможная основа — мирское имя или прозвище Никанша. В русских говорах слово «никанша» не зафиксировано как самостоятельное, но могло возникнуть от глагола «никать» — опускать голову, клониться вниз. В этом случае прозвище мог получить человек с привычкой ходить потупившись, задумчивый или смирный. Однако первая версия — от крестильного имени — встречается чаще и подкрепляется тем, что в старых документах (например, в переписных книгах XVII века) встречаются люди с именем Никанша, а не с прозвищем.

С географической точки зрения фамилия Никаншин тяготеет к центральным и северным областям России. Встречается в костромских, вятских и вологодских землях, где суффикс -ин в фамилиях от имён на -а был нормой. Там же фиксируются однокоренные фамилии: Никанов, Никандров, Никашин — все они восходят к тому же корню, но с разными суффиксами и окончаниями.

По социальному составу Никаншины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилии на -ин в этой среде образовывались от имён отцов, и если в семье главу звали Никанша, то его дети автоматически получали прозвание Никаншины. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не значится — это «простая», народная фамилия, что, впрочем, не делает её историю менее определённой.