Фамилия Николаеня образована от полной формы крестильного имени Николай. В переводе с греческого оно означает «победитель народов» — от nika («побеждать») и laos («народ»). Имя Николай издавна было одним из самых почитаемых в православном мире, поэтому и фамилии, от него произведённые, встречаются повсеместно.

Обратим внимание на суффикс: здесь не привычное -ов или -ин, а -еня. Такая модель характерна для западнорусских земель, особенно для Беларуси. В польской и белорусской традиции суффикс -еня (как в фамилиях Кравченя, Михалёня) указывал на принадлежность к роду: Николаеня — «сын Николая», «из семьи Николая». Позже форма закрепилась как фамилия.

Использование полной формы имени, а не уменьшительной (вроде Коля или Никула), — важная деталь. В старину фамилии от полного имени чаще получали люди, пользовавшиеся авторитетом в своей общине, или те, кто входил в социальную верхушку: духовенство, служилые люди, зажиточные крестьяне. Впрочем, для белорусского и украинского ареала это правило работало мягче — там полные имена в основе фамилий встречались у самых разных сословий.

В написании Николаеня слышится белорусское аканье: в русской передаче конечное -еня сохранилось без изменений, тогда как на русской почве фамилия чаще приняла бы форму Николаев. Поэтому Николаеня — это своего рода маркер, указывающий на западное происхождение рода, возможно, из Витебской, Минской или Гродненской губерний.

Сравните с однокоренными фамилиями: Николаев, Никольский, Николаенко, Никулин. Каждая из них образована по своей модели, но Николаеня стоит особняком — редкий для России суффикс делает её легко узнаваемой и сразу выдаёт региональные корни.

Точных сведений о знаменитых носителях фамилии в открытых источниках мало, что неудивительно: фамилия довольно редкая. Но это не мешает ей быть ярким примером того, как имя, пройдя через местную языковую традицию, превратилось в устойчивый родовой знак.