Фамилия Николаишина — редкий пример, где женская форма закрепилась в качестве основной в официальных документах. В русской традиции фамилии на -ин обычно образуются от мужских основ, но здесь окончание -а указывает, что перед нами, скорее всего, женский вариант фамилии Николаишин. Мужская форма Николаишин встречается реже, но именно она — исходная.

Основа фамилии — имя Николай, но не напрямую. Суффикс -иш- в русских фамилиях чаще всего указывает на принадлежность к чему-то большому или грубому, либо на уничижительный оттенок (ср. «домишко», «ручища»). Однако в фамилиях этот суффикс мог выполнять другую роль — указывать на происхождение от человека, которого звали Николаиш. Так могли называть сына или внука Николая, причём в разговорной речи имя могло принять форму Николаиш (как сокращение от Николаище или как прозвище). Вторая версия: суффикс -иш- мог быть диалектным вариантом патронимического суффикса, особенно в южнорусских говорах, где встречаются фамилии на -ихин, -ишин, -ишов. Тогда Николаишин — буквально «сын Николаиша», то есть потомок человека по имени Николай.

Географически фамилия привязана к центральным и южным регионам России. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках XIX века Николаишины встречаются в Воронежской, Тамбовской и Курской губерниях. Скорее всего, предки носителей фамилии были крестьянами или мещанами, так как дворянские роды с таким окончанием почти не фиксируются. Интересно, что в некоторых списках фамилию записывали как Николаищев или Николаищева, что подтверждает связь с прозвищной формой.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Николаев, Никольский, Николашин) показывает, что Николаишина стоит особняком: она не образована от канонического имени или профессии, а возникла из устного, бытового варианта. Это делает её ценной для историков языка — она сохраняет живую народную форму обращения, которая почти исчезла из современного русского обихода.