Фамилия Николайнус — редкий случай, когда мы почти наверняка знаем не только корень, но и точный путь, которым фамилия попала в русский быт. Это не исконно русская фамилия, а искусственное латинизированное образование, и её суффикс — главная подсказка.

Основа фамилии — каноническое имя Николай (от греческого «николаос» — «победитель народов»). Окончание «-ус» — типичное латинское окончание мужского рода. В России такие фамилии давали в духовных училищах и семинариях в XVIII–XIX веках. Будущему священнику или выпускнику семинарии меняли русскую или украинскую фамилию на латинизированный вариант, чтобы звучало «учёно» и по-книжному. Так из фамилии Никольский, Никитин или просто Николаев легко получался Николайнус.

Словообразовательная модель проста: корень «николай» + латинский суффикс-окончание «-нус». Аналогов масса: Иванов превращался в Иванус, Петров — в Петрусиус или Петрункевич. Часто будущие церковнослужители получали фамилию по имени своего отца или по имени святого, в честь которого были крещены. Николайнус — это, скорее всего, «сын Николая», но обёрнутый в латинскую тогу.

Географически такие фамилии чаще всего встречались на территориях, входивших в Киевскую духовную академию, а также в центральных губерниях России, где было много семинарий. Но Николайнус — фамилия не массовая, а штучная. Её носителей не тысячи, а единицы, и почти все они — потомки либо священников, либо людей, получивших духовное образование.

Споров о происхождении здесь почти нет. Версия о том, что фамилия могла возникнуть стихийно от немецкого или шведского варианта имени, маловероятна: для прибалтийских фамилий характерны другие окончания («-сон», «-сен»), а для немецких — «-ман». «-Ус» — это именно книжная, семинаристская метка. Социальный контекст прост: предки носителя фамилии были грамотными людьми, связанными с церковью, и, вероятно, оставили после себя не только фамилию, но и какое-то письменное наследие — метрики, проповеди, переписку.