Фамилия Никонерова — редкий случай, где основа спорит с суффиксом. На первый взгляд — типичная русская фамилия на -ов, женская форма Никонерова (мужская — Никонеров). Но суффикс -еров нестандартен: обычно мы встречаем -ов/-ев, -ин, -ский. -еров встречается редко, чаще в фамилиях от заимствованных или сложных основ (например, Кантемиров, от имени Кантемир).

Самая вероятная версия: в основе лежит греческое имя Никонер (Νικονερ), которое в русской традиции могло быть переосмыслено. Никонер — составное имя: от греч. νίκη (nike) — «победа» и νέρος (neros) — «вода» (или, реже, от νεαρός — «молодой»). То есть Никонер — «победа воды» или «победоносная вода». Имя редкое, но в православных святцах не зафиксировано, что указывает на его, возможно, монашеское или неканоническое происхождение.

Альтернативная, но менее убедительная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Никонер, данного человеку, связанному с водой или рыбой (например, рыбаку), с добавлением греческого корня в подражание церковным именам. Однако слабость этой гипотезы в том, что прозвища с греческими корнями в крестьянской среде почти не встречались — их приносили священники или монахи.

Географически фамилия Никонерова крайне редка. В дореволюционных переписях она почти не фиксируется; основная масса носителей, судя по современным данным, сосредоточена в центральной России и Поволжье, что косвенно подтверждает её происхождение из среды духовенства или мелкопоместных дворян, где греческие имена были в ходу.

Социальный контекст: если фамилия действительно от имени Никонер, то её носители могли быть потомками священников, получивших семинарское или монашеское имя. В XIX веке такие искусственные фамилии давали выпускникам духовных училищ, чтобы отличать их от однофамильцев. Суффикс -еров здесь мог возникнуть под влиянием фамилий типа Алексеев, но с заменой корня.