Фамилия Никонець звучит не по-русски — и это верное впечатление. По своему строению это типичная украинская или белорусская фамилия, образованная с помощью патронимического суффикса -ець. В восточнославянских языках этот суффикс указывал на принадлежность: Никонець — «сын Никона» или «человек из рода Никона». В русском языке аналогичную роль играл суффикс -ов/-ев (Никонов), а -ець остался характерным для диалектов украинского и белорусского, особенно в западных регионах.

Основа фамилии — каноническое мужское имя Никон (от греческого Никон — «побеждающий»). Это имя носил, в частности, патриарх Никон, известный церковной реформой XVII века. Однако в народной среде имя было распространено и до, и после реформы, так что связывать фамилию напрямую с патриархом не стоит. Скорее всего, предок носителя фамилии был просто крещёным человеком по имени Никон, а его дети и внуки закрепили за собой прозвание Никонець — то есть «Никоновы».

Важно обратить внимание на окончание: в украинском языке фамилии на -ець склоняются как существительные мужского рода (Никонеця, Никонцю), а в русском контексте часто воспринимаются как неизменяемые. Если вы встретили вариант Никонец (без мягкого знака) — это уже русская адаптация той же фамилии, где -ец заменил украинский -ець. Встречается и форма Никонецький, которая добавляет притяжательный суффикс -к-, но это уже другая ветвь.

Географически фамилия Никонець чаще всего фиксируется в западных областях Украины — Волыни, Галичине, а также в южных районах Беларуси. В центральной России она редка и, скорее всего, появилась в результате миграций XIX–XX веков. По социальному происхождению — это фамилия крестьянская или казацкая, без дворянского оттенка. В реестрах запорожских казаков встречаются похожие прозвища (Никон, Никоненко), но форма с -ець тяготеет к более позднему, «фамильному» этапу, когда прозвище закрепилось за родом окончательно.

Если у вас именно украинское написание Никонець, то ударение, скорее всего, падает на первый слог: Ни́конець. В русском варианте Никонец ударение может смещаться на последний слог, но это уже вопрос местного произношения. В любом случае, фамилия прозрачна по смыслу и не таит загадок: она прямо говорит, что ваш предок носил имя Никон.