В основу фамилии Никонцев легло церковное имя Никон. Имя Никон восходит к греческому слову «nikao» - «побеждать» и переводится как «победитель». Суффикс -ец имеет значение «сын, выходец из рода». Таким образом, имя Никонец имеет значение «из рода Никона».