Фамилия Никонцева принадлежит к пласту русских семейных именований, образованных от полной формы крестильного имени. В её основе лежит каноническое имя Никон, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии. Греческое слово «nikao» переводится как «побеждать», поэтому имя Никон осмыслялось как «победитель». Так звали нескольких раннехристианских святых, что обеспечило имени устойчивую популярность в святцах.

Морфологически фамилия строится по прозрачной модели: к основе Никон- добавляется суффикс -ец, который в русской ономастике указывал на принадлежность к роду или местности. В данном случае форма Никонец означала «сын Никона» или «выходец из рода Никона». От этого прозвищного имени-отчества и пошла фамилия Никонцев, а женская форма Никонцева — это традиционное русское образование, фиксирующее принадлежность женщины к этому роду.

Стоит обратить внимание на редкость суффиксального оформления. Гораздо чаще от имени Никон образовывались фамилии с патронимическими суффиксами -ов и -ин: Никонов, Никонин. Вариант с -ец встречается заметно реже и тяготеет к северорусской традиции именований, где подобные формы (например, Торопец, Устюжанец) обозначали человека по месту его происхождения. Поэтому нельзя исключать, что в некоторых случаях Никонец могло быть не отчеством, а прозвищем, указывающим на выходца из местности, связанной с именем Никон, — например, из села с названием Никоново или Никонцы.

Происхождение фамилии от полной, а не уменьшительной формы имени часто служит косвенным признаком социального статуса основателя рода. В крестьянской среде чаще использовали обиходные варианты — Никонка, Никоня, от которых пошли бы другие фамилии. Употребление полной формы Никон в качестве основы отчества говорит о том, что предок Никонцевых, вероятно, принадлежал к духовенству, купечеству или служилому сословию, где церковное имя фиксировалось в документах без искажений.

Процесс закрепления фамилий в разных слоях общества растянулся на несколько столетий. У знати и горожан фамилии оформились раньше, у крестьянства — только после отмены крепостного права в XIX веке. Поэтому точное время и место возникновения конкретной ветви Никонцевых можно установить лишь через генеалогические разыскания, обращаясь к метрическим книгам, ревизским сказкам и писцовым документам. Без таких архивных изысканий можно уверенно говорить лишь об общем типе и значении фамилии, что мы и сделали.