Этимология фамилии Никонцев, принадлежащей к древнейшему типу исконно русских фамилий, восходит к имени собственному. В основу фамилии Никонцева легло церковное имя Никон. Имя Никон восходит к греческому слову «nikao» - «побеждать» и переводится как «победитель». Суффикс -ец имеет значение «сын, выходец из рода». Таким образом, имя Никонец имеет значение «из рода Никона». Скорее всего, основатель рода Никонцевых был человеком из высшего сословия. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Никонцевых можно лишь на основании генеалогических исследований.