Фамилия Никопаев — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает происхождение. На первый взгляд она кажется образованной от некоего имени Никопай, но такого имени в русских святцах нет. Разгадка лежит в фонетике: фамилия Никопаев — это искажённый вариант фамилии Никипаев или, что вероятнее, Никифоров.

В основе лежит каноническое имя Никифор (греч. «несущий победу»). В народной речи, особенно в южнорусских и украинских говорах, имя Никифор часто сокращали до Никипа, Никипка или Никопка. От этих обиходных форм и пошли фамилии Никипаев, Никипов, а затем, под влиянием аканья (произношения «о» как «а») и упрощения звуков, — Никопаев. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «Никопаев» буквально значило «сын Никопы», то есть Никифора.

Вторая, менее распространённая версия, связывает фамилию не с именем, а с прозвищем. В некоторых диалектах «никопа» или «никопай» могло означать человека, который «никого не пашет» — ленивого или уклоняющегося от работы. Однако эта гипотеза слабее: прозвище с отрицательной частицей «ни-» для русских фамилий нетипично, а имя Никифор даёт куда более естественное объяснение.

Географически фамилия Никопаев встречается редко, основные очаги — юг России (Краснодарский край, Ростовская область) и восток Украины. Это подтверждает связь с акающими говорами. По социальному составу предки Никопаевых, скорее всего, были крестьянами или мещанами, так как фамилии от сокращённых форм имён чаще закреплялись в непривилегированных сословиях.

Таким образом, Никопаев — это не самостоятельное имя, а фонетический след живого народного произношения. Предки носителя фамилии, вероятно, носили имя Никифор, а сама фамилия — пример того, как устная речь меняет письменную форму, создавая редкие и неочевидные варианты.