Фамилия Никулищева — женская форма фамилии Никулищев, которая образована от мужского личного имени Никула, народной формы канонического имени Николай (от греческого «николаос» — «победитель народов»). В русской традиции имена на -ула (Микула, Никула) были распространены в северных и центральных говорах, где суффикс -ул- придавал имени ласкательно-уменьшительный оттенок. От основы Никул- с помощью суффикса -ищ- возникло прозвище Никулище — так могли назвать человека крупного телосложения или с ярко выраженными чертами характера, а суффикс -ищ- в русских фамилиях часто указывал на принадлежность к роду (ср. Бородище, Глазище). Таким образом, Никулищев — буквально «сын или потомок Никулища».

Словообразовательная модель с суффиксом -ищев встречается реже, чем стандартные -ов или -ин, что делает фамилию более локальной. Она могла закрепиться в тех регионах, где было принято образовывать фамилии от прозвищ с увеличительным или просторечным оттенком — например, в бывших новгородских землях или на Русском Севере. В отличие от фамилий типа Никулов или Никулин, которые образованы от имени Никула напрямую, вариант Никулищев подчеркивает не просто родство, а прозвищную характеристику предка.

Встречаются и альтернативные версии: некоторые исследователи связывают основу с диалектным словом «никула» — так в отдельных говорах называли нерасторопного или неуклюжего человека. Однако более вероятным остается происхождение от имени, поскольку суффикс -ищ- в фамилиях редко присоединяется к нарицательным существительным без личного имени в основе. В любом случае, фамилия Никулищева — редкий пример русской антропонимической архаики, где сохранилась нестандартная модель именования, почти не встречающаяся за пределами узких региональных традиций.