Фамилия Нистинина — редкая и с неочевидной этимологией. Чтобы понять её происхождение, нужно смотреть не на корень, а на окончание и суффикс. Фамилия образована по типичной русской модели: основа + суффикс -ин + окончание -а (для женщины) или -ин (для мужчины, без окончания). Мужской вариант фамилии — Нистинин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность или родство: «чей?» — Нистинин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Нистиня. Сама основа «Нистин-» — это, скорее всего, искажённое или диалектное произношение слова, которое на слух могло звучать как «нистый» или «нист». В русских говорах слово «нистый» означало «низкий», «приземистый», «невысокий». Человек с таким прозвищем мог быть невысокого роста. В этом случае Нистиня — это ласкательная или уменьшительная форма прозвища (как «низкий» → «низенький» → «низень» → «Нистень» → «Нистиня»).

Есть и другая, менее вероятная версия: основа могла восходить к редкому нецерковному имени Нист, которое в некоторых регионах давали детям, родившимся «ни с того, ни с сего» (внезапно), или как охранительное имя. Однако эта гипотеза слабая, так как имя Нист не зафиксировано в известных ономастических словарях.

Географически фамилия Нистинина встречается крайне редко. Основные следы ведут в северные и центральные регионы России, особенно в Вологодскую и Архангельскую области, где диалектное «нистый» (низкий) было в ходу. Там же распространены схожие по модели фамилии: Нистин, Нистинов, а также более понятные Низин, Низинин. Фамилия Нистинина, таким образом, — это память о прозвище предка, которое указывало на его внешность (невысокий рост) или, реже, на характер (скромный, «невысокий» в переносном смысле). Сословной привязки нет: так могли назвать и крестьянина, и посадского человека.