Фамилия Ницинский — одна из тех, что сразу указывает на географическое происхождение. Её основа — название населённого пункта, а суффикс -ский выдаёт типичную модель образования для польской, украинской или белорусской шляхты и духовенства. В России такие фамилии часто получали выпускники семинарий, которым давали «благозвучные» фамилии по названиям сёл или местечек.

Скорее всего, в основе лежит топоним Ница или Ницы. В Польше есть несколько деревень с названием Ница (Nica), а в Беларуси — деревня Ницино. Реже фамилию могли связать с рекой Ница (приток Туры в Свердловской области), но это маловероятно: географическая привязка к Сибири для фамилии с суффиксом -ский нехарактерна. Более правдоподобна версия с западнорусскими или польскими землями, где фамилии на -ский особенно распространены.

Суффикс -ин- в середине слова (Ницинский, а не Ницский) указывает на притяжательную форму: «принадлежащий к Нице» или «выходец из Ницы». Это типичная русская адаптация польской или украинской фамилии. Если бы фамилия была чисто польской, она скорее звучала бы как Ницкий (Nicki) или Ницкий (Nitzki), но форма Ницинский — результат смешения языковых моделей.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные примеры разбираются как фамилии семинарского происхождения. Священникам нередко давали фамилии по названиям приходов или сёл, где они служили, добавляя суффикс -ский. Так что предок-носитель фамилии Ницинский мог быть либо священником, либо выходцем из деревни Ница, который при переезде в другую местность получил прозвище по месту прежнего жительства.

Фамилия редкая. В современных базах данных её носители встречаются в основном в центральной России и на Украине, что подтверждает версию о западном корне. Однокоренные фамилии — Ницкий, Ницын, Ницевич — тоже немногочисленны, но все они восходят к одному топониму или прозвищу.