Фамилия Низовская образована от прозвища Низовец, как и множество однокоренных фамилий — Низовцев, Низовский, Низов. Низовцем на Руси называли человека, который жил в низовье, ниже по течению реки, — в отличие от «верховцев», обитавших выше по течению. Противопоставление «верх» и «низ» было в ходу по всей территории расселения славян: так говорили и о жителях разных берегов одной реки, и о переселенцах с верховьев на низовья.

Степан Веселовский в своем труде по ономастике приводит ранние упоминания этого прозвища: Низовец Васильевич Уваров, XVI век, Смоленск; Иван Тверитин и Никита Денисов Низовцевы, середина XVI века, Зубцов. Эти записи показывают, что прозвище бытовало в центральных и западных русских землях, причем уже в ту пору у потомков появлялись фамильные формы.

Сам суффикс -ск- в фамилии Низовская указывает на модель, типичную для географических и топонимических фамилий: такую форму часто получали дворянские роды по названию своих владений, а также выходцы из сел и городов. Однако в данном случае основа не топоним, а прозвище, поэтому фамилию стоит понимать как «относящийся к Низовцу», то есть потомок человека с таким прозвищем. Окончание -ая выдает женскую форму, которая в современном употреблении закрепилась за женщинами, тогда как мужская форма — Низовский.

Иногда в разборе фамилии Низовская упоминают суффикс -их, характерный для фамилий русского Севера, но здесь это ошибка: в слове Низовская такого суффикса нет, он появился бы в форме вроде Низовских. Путаница возникает из-за созвучия, но словообразовательная модель у фамилии другая — притяжательно-топонимическая, а не «северная».

Таким образом, родоначальник Низовских — человек, которого окрестные жители называли Низовцем по месту его проживания. Со временем его дети и внуки стали писаться Низовскими, и фамилия закрепилась в роду. Встречается она преимущественно в тех регионах, где были распространены речные поселения, — от Смоленщины и Тверской земли до Поволжья и Сибири, куда фамилию принесли переселенцы.