Основой фамилии Ноженко послужило мирское имя Нога. Они происходят от мирского имени или прозвища Нога. В случае, если в основе фамилии Ноженко лежит прозвище, Ногой могли прозвать резвого, быстроногого или же лишившегося одной ноги человека. Не исключено также, что фамилия образована от слова «нож». Так, прозвище Нож могло представлять собой профессиональное именование, указывающее на род деятельности предка: он мог быть мастером по изготовлению или заточке ножей. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Нога, со временем получил фамилию Ноженко.