Фамилия Обенко образована от казахского мужского имени Абен, которое восходит к аналогичному нарицательному. «Абен» в переводе означает «сын». Имя Абен является весьма почетным у казахов, его давали долгожданному, желанному первенцу. Замена гласного «а» на «о» в начале слова объясняется особенностями «окающего» произношения. Фамилия Обенко была преимущественно распространена в регионах с «окающими» диалектами — на территории центральной России. Суффикс -ко относится к типичным украинским суффиксам. Это говорит о том, что фамилия Обенко имеет украинское происхождение. Таким образом, потомок человека, которого звали Абен, со временем получил фамилию Обенко.