Фамилия Обыденников происходит от прозвища Обыденник и отвечает распространённой модели русских фамилий с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность потомку человека с этим прозвищем. В основе лежит прилагательное «обыденный», у которого два заметно различающихся значения, и оба могли дать начало прозвищу.

Первое значение связано с выражением «обыдень» — срок в один день. Обыденником могли назвать мастера, способного выполнить работу за сутки, например, срубить небольшую избу или справить какую-то срочную поделку. В народной культуре известны и «обыденные» храмы, которые всем миром возводили за один день по обету, так что прозвище могло нести оттенок умения и сноровки.

Второе значение — привычный, заурядный, ничем не примечательный. В этом случае прозвище Обыденник получал человек без ярких отличий, «как все». Такие имена-характеристики давали не в обиду, а для того, чтобы выделить человека из толпы по его обыкновенности — что само по себе парадоксально, но типично для русской ономастики.

Прозвища на -ник в русской традиции часто указывали на род деятельности или свойство человека, поэтому Обыденник органично вписывается в этот ряд. С течением времени, когда прозвище закрепилось за детьми и внуками, оно превратилось в фамилию Обыденников, то есть «сын Обыденника». Суффикс -ов здесь стандартный для фамилий, образованных от слов мужского рода с конечным согласным.

Точное время и место возникновения фамилии назвать сложно: фамилии у крестьян и посадских людей складывались на протяжении нескольких столетий, и письменные источники фиксируют их с запозданием. Однако сама фамилия Обыденников — живой след народной речи, сохранивший слово, которое сегодня воспринимается скорее как книжное.