Фамилия Оконенко звучит как типичная украинская фамилия, и это верное первое впечатление. Её выдает суффикс -енко, который в украинской ономастике означает «маленький», «сын» или «потомок». Без этого суффикса основа — Окон — могла бы быть прозвищем или производным от имени, но именно -енко указывает на то, что фамилия сложилась в среде, где говорили на украинских говорах, скорее всего, на Левобережье или в Слобожанщине.

Корень «Окон-» почти наверняка связан со словом «окно». В восточнославянской традиции прозвища по частям дома или предметам быта давали нередко: Окно, Оконник, Оконный. Человек мог получить прозвище Окон за то, что жил в крайней избе у околицы, работал стекольщиком или плотником, вставлявшим окна, либо просто имел большие или, наоборот, маленькие глаза — в народе глаза часто называли окнами души. В украинских говорах слово «окно» звучит как «вікно», но фамилия сохранила русское звучание корня, что типично для гибридных моделей, когда основа взята из русского или церковнославянского, а суффикс — украинский.

Версия о происхождении от личного имени маловероятна. Канонического имени Окон нет, а уменьшительная форма от Оксана (Оконя) встречается редко и обычно не даёт фамилию на -енко без промежуточной ступени. Поэтому прозвищная версия — основная и самая правдоподобная.

Географически фамилия Оконенко распространена в Украине, особенно в Черкасской, Полтавской и Киевской областях. В России встречается редко, в основном у потомков переселенцев. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками — именно в этих средах модель на -енко была массовой. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

В написании фамилии возможны варианты: Оконенко, реже Оконенко (с ударением на второй слог). В исторических документах конца XIX века встречается написание через «а» — Аконенко, что объясняется аканьем в южнорусских говорах. Но основная форма закрепилась с буквой «о».