Фамилия Омаркин — одна из тех, где внешняя простота скрывает неочевидную этимологию. На первый взгляд, корень «омар» наводит на мысль о морском раке, но это ложный след: русские фамилии от названий животных обычно образовывались от обиходных, местных прозвищ (Рыжкин, Волков), а «омар» — книжное, заимствованное слово, которое в крестьянской среде до XIX века практически не употреблялось.

На деле фамилия восходит к личному имени Омарка — уменьшительной форме от крестильного имени Амвросий (греч. «амбротос» — бессмертный, принадлежащий богам). В народном произношении «Амвросий» через стадию «Амрос» превратилось в «Омар»: так работала фонетика в русских говорах, где редуцированные гласные стягивались, а начальное «ам» часто менялось на «ом» под влиянием аканья. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Омаркин буквально значит «сын Омарки» или «человек из дома Омарки».

Модель образования редкая для фамилий такого типа: обычно от уменьшительных форм на -ка образуют фамилии на -ин (Петя — Петин, Ваня — Ванин), но здесь основа — Омарка, а не Омар. Это говорит о том, что фамилия возникла в среде, где полное имя Амвросий было не в ходу, а бытовало именно ласкательное или обиходное прозвище Омарка. Встречается фамилия преимущественно в центральных и южнорусских областях, где аканье было нормой, — например, в бывших Тульской, Рязанской, Курской губерниях.

Вариант от тюркского имени Омар (араб. «цветущий», «жизнь») возможен, но маловероятен: носители фамилии Омаркин в исторических записях — русские крестьяне и мещане, а не выходцы из татарских или башкирских родов. Если бы корень был тюркским, фамилия скорее приняла бы форму Омаров или Омарский. Так что основная версия — от Амвросия через народное Омарка.