Фамилия Пагнаева — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает происхождение. Если смотреть на суффикс, всё очевидно: -ев указывает на русскую модель образования от отчества или прозвища. Но что за основа «Пагнай»? Прямого тюркского или славянского корня с таким звучанием в нарицательной лексике нет. Это первый сигнал, что перед нами, скорее всего, не прозвище, а искажённое имя или географическое название.

Наиболее правдоподобная версия — фамилия восходит к крестильному имени Пахомий. В русских говорах это имя нередко упрощалось до форм «Пахом», «Пахоня», «Пахна». А там, где цокали или шепелявили, «Пахна» могло превратиться в «Пагна» — особенно в диалектах, где «х» перед носовым звуком заменялось на «г» (как в словах «пагнуть» вместо «пахнуть» в некоторых северных говорах). Тогда Пагнаев — это «сын Пагная», то есть потомок Пахомия. Модель образования типична для крестьянских фамилий центральной России и Поволжья.

Есть и более экзотическая версия, которую стоит упомянуть из-за региональной привязки. Фамилия встречается среди осетин (в частности, в Дигории). В осетинском языке «пагнай» или «пагна» может быть связано с диалектным словом, обозначающим «пришлый», «чужак» или производным от тюркского «баг» (сад, виноградник) с осетинским суффиксом. Однако эта гипотеза слабее: осетинские фамилии чаще оформляются суффиксом -ты/-ти, а не славянским -ев. Скорее всего, осетинские Пагнаевы — это потомки русских переселенцев или обрусевших горцев, чья фамилия была адаптирована под местное произношение.

По сословной принадлежности определённо сказать трудно. Если исходить из версии с Пахомием, то это фамилия крестьянская или однодворческая, без дворянских корней. В дореволюционных записях Пагнаевы изредка встречаются в Тверской и Ярославской губерниях. География подтверждает, что фамилия оставалась локальной и не получила широкого распространения.

Особенность написания — «г» вместо ожидаемого «х» — и есть та деталь, которая отличает эту фамилию от более частых Пахомовых и Пахомьевых. Она указывает на диалектную среду, где фамилия закрепилась в произношении, а не в книжной форме. Для носителя фамилии Пагнаева это означает, что его предки, вероятно, жили в зоне северо-восточных или северных говоров и были людьми незнатными, но с устойчивым местным говором.