Фамилия Пагнаев — редкая и с неочевидной основой. На первый взгляд она похожа на множество русских фамилий на -ев, но её корень не лежит на поверхности. В привычном словаре русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) такой основы нет, что указывает либо на её позднее происхождение, либо на заимствование.

Самый вероятный путь — фамилия образована от прозвища или имени, которое в русском языке не прижилось, но могло бытовать в говорах или в среде переселенцев. Если отбросить суффикс -ев (указывающий на принадлежность: «чей?» — сын Пагная), остаётся основа «Пагнай». Она могла возникнуть из глагольной формы: в некоторых южнорусских и украинских говорах «пагнать» — то же, что «погнать», то есть «погнать скот», «погнать в путь». Прозвище Пагнай могли дать пастуху, погонщику, вознице или просто торопливому, нетерпеливому человеку, который всё время кого-то «гонит».

Вторая версия — иноязычное происхождение. Фамилия могла возникнуть у народов Кавказа или Поволжья, где встречаются личные имена с корнем «паг-» (например, в осетинском или тюркских языках). При переходе в русскую среду такое имя русифицировали, добавив окончание -ев. В этом случае точное значение исходного имени требует обращения к конкретному языку, но чаще всего оно связано с понятиями «господин», «владыка» или «свет».

Географически фамилия Пагнаев встречается точечно, преимущественно в южных регионах России и на Северном Кавказе. Это подтверждает обе версии: и южнорусские говоры, и контакт с местными языками.

Социального статуса носителей по фамилии не определить — она слишком редка, чтобы делать обобщения. Ясно одно: предки нынешних Пагнаев были либо людьми дела, связанными с дорогой и скотом, либо выходцами из среды, где имя звучало иначе, но прижилось по-русски.