Фамилия Пакратов — редкий случай в русской ономастике, где написание расходится с привычным слуху. Чаще всего её путают с Прократовым или Пократовым, но это самостоятельная форма, и её разгадка лежит в диалектном произношении.

В основе фамилии лежит каноническое имя Прокофий. В русских говорах, особенно северных и сибирских, имя Прокофий (от греческого «преуспевающий») произносили как Пакрафей или Пакрат. Аканье — замена «о» на «а» в безударном слоге — дало форму Пакрат. От неё и образовали отчество с суффиксом -ов: Пакратов, то есть «сын Пакрата».

Модель образования типична для русских фамилий XVII–XIX веков: от сокращённой народной формы имени. Прокофий дал целое гнездо фамилий: Прокофьев, Прокопьев, Прократов, Прокушев. Пакратов стоит в этом ряду особняком — это не описка, а живое свидетельство того, как звучала речь в конкретной местности. Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным аканьем: Поволжье, южные области, Сибирь.

Встречается и другой, менее вероятный вариант: от прозвища Пакрат, связанного с диалектным глаголом «пакрать» (пачкать, марать). Но он слабо подтверждается — в словарях такое значение фиксируется редко, а имя Прокофий даёт более надёжную и массовую основу.

Сословной привязки у фамилии нет: Пакратовы могли быть и крестьянами, и мещанами, и священниками. В метрических книгах XIX века эта фамилия встречается нечасто, что говорит о её локальном бытовании. Сегодня она остаётся малочисленной, но именно такие редкие формы лучше всего сохраняют звуковой облик русской речи прошлых веков.