Фамилия Паксеевы — редкая и неочевидная с первого взгляда. Её основа, «Паксей», не встречается в современных святцах и не связана с распространёнными христианскими именами. Это наводит на мысль, что корень фамилии — неканоническое, мирское имя или прозвище, которое давали в дохристианской и раннехристианской Руси.

Скорее всего, в основе лежит диалектное слово «пакса» или «паксей». В некоторых русских говорах, особенно северных и вологодских, «паксой» называли ленивого, медлительного человека, а также того, кто любит прихвастнуть или пустить пыль в глаза. Суффикс «-ей» в этом случае типичен для прозвищ: ср. Бакшей, Гузей, Мокей. Прозвище Паксей мог закрепиться за родоначальником по его характеру или поведению — как бы сказали сейчас, «тяжеловатый на подъём» или «хвастун».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими языками. В татарском и башкирском есть слово «бакса» (сад, огород), которое в русском произношении могло превратиться в «пакса». Тогда Паксей — это человек, работающий в саду, садовник. Однако для фамилии Паксеевы эта версия слабее: в тюркских языках фамилии с таким окончанием образуются иначе, и форма «Паксеев» нехарактерна.

Суффикс «-ев» указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Паксеев — сын Паксея. Фамилия образована по тому же принципу, что и Тимофеевы, Андреевы, но от редкого, почти исчезнувшего имени.

Географически фамилия Паксеевы встречается единично. Несколько семей с такой фамилией зафиксированы в Переславском и Ростовском уездах Ярославской губернии — это как раз зона бытования северорусских говоров, где слово «пакса» было в ходу. В других регионах фамилия почти не встречается, что подтверждает её локальное, очаговое происхождение.

Таким образом, Паксеевы — потомки человека по прозвищу Паксей. Скорее всего, это был медлительный или хвастливый крестьянин из Ярославской земли, чья характерная черта запомнилась соседям и перешла в фамилию. Никакого аристократического или церковного следа здесь нет — чисто народная, бытовая история, сохранившаяся в редком фамильном имени.