Фамилия Пакульните — редкий случай, когда географический и языковой ключ к происхождению лежит на поверхности. Она несёт на себе яркий отпечаток литовского или латышского влияния, что сразу выделяет её из массива русских фамилий.

Разбираем словообразовательную модель. Фамилия заканчивается на -ите. Этот суффикс характерен для литовских фамилий (ср. Будрите, Казлаускайте). В русской ономастике он почти не встречается, а значит, перед нами не адаптированная, а сохранившая оригинальное написание фамилия балтийского происхождения. Основа — Пакульн-. Она восходит к литовскому слову pakulnė или латышскому pakuls — «пакля», «кудель», «очески льна». Паклей называли грубое волокно, которое оставалось после обработки льна и шло на конопачение, набивку матрасов или изготовление верёвок.

Следовательно, прозвище Пакульнис (Pakulnis) давали человеку, который имел дело с паклей. Это мог быть ремесленник, обрабатывающий лён, торговец паклей или просто человек с грубыми, спутанными волосами, напоминавшими кудель. Встречается и другая версия: в литовском языке pakulnė может означать «подножие горы» или «низина», но для фамилии прозвищная, ремесленная гипотеза выглядит убедительнее: прозвище по занятию — самый частый путь образования фамилий у простых людей.

Фамилия Пакульните — женская форма. В литовской традиции суффикс -ите (-ytė) указывает на незамужнюю женщину (дочь). Мужской вариант фамилии звучал бы как Пакульнис (Pakulnis). Со временем, при переходе в русскую среду, окончание могли не менять, и фамилия закрепилась в женском обличье, что бывает нечасто. Это говорит о том, что носительница фамилии или её мать получили паспорт именно в такой форме, либо фамилия передалась по женской линии.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи — Литве, Латгалии, а также к Ковенской и Виленской губерниям. Встречается она и в современных прибалтийских государствах. В России Пакульните — фамилия редкая, её носители живут в основном в Калининградской области, Санкт-Петербурге и Москве, куда переехали в XX веке.