Фамилия Пакульских — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищное происхождение. Она относится к группе фамилий на -ских, типичных для польской и западнорусской (белорусской, украинской) шляхты и духовенства. Такие фамилии образовывались от названий местностей, часто с приставкой «по-» или суффиксом, указывающим на принадлежность к роду или владению.

В основе фамилии лежит топоним Пакуле или Пакулы. Такие названия встречаются в Польше (например, Pakule в Мазовецком воеводстве) и на территории бывшего Великого княжества Литовского (современные Беларусь и Украина). Человек, которого прозвали «Пакульский», был либо выходцем из села Пакуле, либо владельцем тамошнего имения. Форма Пакульских — это родительный или предложный падеж множественного числа, характерный для фамилий польского образца: «из дома Пакульских». В русском языке она закрепилась как неизменяемая, что указывает на позднюю фиксацию в документах, когда падежное окончание «срослось» с основой.

Корень «пакул-» вызывает споры. Самая прямая версия — от польского pakul или pakuly, что означает «пакля» (грубое волокно, отходы льна). Прозвище Пакуля могли дать человеку с всклокоченными, торчащими волосами, похожими на паклю, или же ремесленнику, работавшему с этим материалом (например, конопатчику лодок). Однако для фамилии на -ский прозвищная версия слабее: такие суффиксы редко крепятся к бытовым прозвищам напрямую, обычно они требуют топонимического посредника. Поэтому правдоподобнее считать, что сначала возникло название села или урочища Пакулы (по характеру местности или занятию жителей), а уже от него — фамилия.

В дореволюционной России фамилия Пакульских встречалась в основном среди мелкопоместной шляхты западных губерний (Виленской, Гродненской, Минской) и у духовенства, которое часто получало «географические» фамилии при поступлении в семинарию. После разделов Речи Посполитой многие носители фамилии перебрались в центральную Россию и Сибирь, где окончание «-их» могло трансформироваться в более привычное «-ов» (Пакульских → Пакульсков), но исходная форма сохранилась у тех, кто держался родовой памяти.

Примечательная деталь: фамилия Пакульских почти не встречается в польских гербовниках, что говорит о её нешляхетском, скорее крестьянском или однодворческом происхождении. В отличие от громких «-ских» вроде Потоцких или Замойских, это фамилия людей, чьи предки были не владельцами земель, а их арендаторами или просто выходцами из конкретной деревни.