Фамилия Палугин происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилия Палугин происходит от аналогичного прозвища, образованного от названия местности, из которой происходил его обладатель. Вероятно, что топоним, к которому восходит прозвище Палугин, ведет начало от глагола «палить» или «паливать» со значением «жечь», «предавать огню». На Руси, особенно в сельской местности, большая часть построек была деревянной. Это часто становилось причиной выгорания целых селений, особенно если пожар начинался в их центральной части. Нередки были и поджоги деревень при нападении врагов. Например, во время татаро-монгольских набегов от пожаров страдали многие земли Киевской Руси, а в 1812 году французами была сожжена Москва. Не исключено, что носитель прозвища Палугин мог быть выходцем из деревни Палуга Лушеконского Района Архангельской области. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Палугин, со временем получил фамилию Палугин. О точном месте и времени возникновения фамилии Палугин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Палугин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.