Фамилия Палугина происходит от прозвища Палугин, образованного от названия местности, из которой происходил его обладатель. Вероятно, что топоним, к которому восходит прозвище Палугин, ведет начало от глагола «палить» или «паливать» со значением «жечь», «предавать огню». На Руси, особенно в сельской местности, большая часть построек была деревянной. Это часто становилось причиной выгорания целых селений, особенно если пожар начинался в их центральной части. Нередки были и поджоги деревень при нападении врагов. Например, во время татаро-монгольских набегов от пожаров страдали многие земли Киевской Руси, а в 1812 году французами была сожжена Москва. Не исключено, что носитель прозвища Палугин был выходцем из деревни Палуга Лушеконского Района Архангельской области. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Палугин, со временем получил фамилию Палугина.