Фамилия Панчишена звучит так, будто её носительница — женщина, но на деле это мужская фамилия, застывшая в форме родительного падежа. Такая модель встречается реже, чем стандартные -ов или -ин, и указывает на восточноукраинское или южнорусское происхождение. Если разобрать слово по косточкам, основа — Панчиш- (или Панчиша), а окончание -ен — это вариант суффикса принадлежности -ин, но с характерным чередованием: Панчиша → Панчишен → Панчишена (кого? чей сын?).

Корень фамилии восходит к имени Панчиша — уменьшительно-ласкательной форме от канонического имени Панкратий (греч. «всесильный»). В русских говорах Панкрата звали Паня, Панча, Панчиша. Суффикс -иш- в этом случае не столько увеличительный (как в «ручища»), сколько пренебрежительно-ласкательный, характерный для южных говоров. Таким образом, Панчиша — это «маленький Панкрат» или, возможно, «Панкратов сынок».

Интересная деталь: фамилия могла возникнуть не напрямую от имени, а через прозвище. В украинском языке есть слово «панчішка» — чулок, носок (от польского pończocha). Если предок был чулочником или торговал вязаными изделиями, его могли прозвать Панчиша. Однако версия с именем Панкратий выглядит убедительнее: в документах XVII-XVIII веков на Левобережной Украине фиксированы формы Панчишенко, Панчишин, а Панчишена — это та же модель, но с русским окончанием родительного падежа.

Географически фамилия тяготеет к Черниговской и Полтавской областям, откуда в XIX веке носители переселялись на Кубань и в южные губернии России. В переписных книгах XIX века Панчишены встречаются среди государственных крестьян и казаков — то есть это не дворянская, а преимущественно крестьянская или мещанская фамилия.

В отличие от более частотных Панченко или Панкратов, фамилия Панчишена сохранила редкий суффикс, который указывает не на отца, а на конкретного человека: «чей? — Панчишен». Такая форма со временем перестала склоняться и закрепилась как неизменяемая мужская фамилия на -а.