Фамилия Пандуков — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а тюркская или кавказская, но при этом оформлена типичным русским патронимическим суффиксом -ов. Это сразу говорит о том, что предок носителя фамилии жил в среде, где русские фамилии давали по отцу, но само прозвище или имя отца было заимствованным.

Самая вероятная версия — от тюркского имени Пандук или Пандык. В тюркских языках есть слово «пандык» (или «бендык»), которое может означать «крепость», «укрепление», а также использоваться как личное имя со значением «защитник», «твердыня». В таком случае Пандуков — «сын Пандука». Это логично вписывается в историю южнорусских и поволжских территорий, где активно смешивались славянские и тюркские народы. Фамилия могла появиться у казаков, однодворцев или служилых людей, взявших в основу прозвище от татарского, башкирского или ногайского соседа.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — от прозвища Пандук, связанного с диалектным словом «пандура» или «пандурить». В южных говорах «пандурить» могло означать «лениво бродить», «шататься без дела». Тогда Пандук — человек медлительный или праздный. Однако эта версия слабее, потому что в письменных источниках такое прозвище встречается редко, а тюркский корень даёт более чёткую и исторически подкреплённую картину.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия формировалась в среде, где было принято отчество на -ов/-ев, то есть среди великорусского населения, а не, скажем, украинского (там было бы Пандученко) или польского (Пандуцкий). Географически фамилия Пандуков крайне редкая и не имеет ярко выраженного ареала, но по косвенным данным (схожие фамилии Пандур, Пандурин) её следы чаще встречаются в Ростовской области, Краснодарском крае и в Поволжье — то есть в зоне активных тюркско-славянских контактов.

Интересная деталь: фамилия Пандуков могла возникнуть и как русификация фамилии Пандукидзе или Пандуков (с грузинским окончанием). В грузинском языке «пандури» — это трёхструнный музыкальный инструмент, и от него образована фамилия Пандуридзе. При переезде в русскоязычную среду окончание могли заменить на привычное -ов, и получился Пандуков. Но это уже совсем гипотетический сценарий, который требует документального подтверждения в конкретной семье.