Фамилия Паньгина — женская форма фамилии Паньгин, и её происхождение ведёт к прозвищу или мирскому имени Паньга. В основе лежит диалектное слово «паньга», которое в северных и сибирских говорах означало «денежка, мелкая монета», а также могло относиться к чему-то маленькому или незначительному. В некоторых регионах «паньгой» называли деревянную чашку или ковш, что указывает на возможную связь с ремеслом: предок мог быть резчиком по дереву или торговать деревянной посудой.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Паньгин — это «сын Паньги». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а или -я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в центральных и южных областях, фамилии на -ин более характерны для севера России, в частности для Архангельской, Вологодской и Пермской губерний. Именно там слово «паньга» бытовало в быту.

Редкость фамилии объясняется локальным характером прозвища. Паньгой могли назвать человека маленького роста, прижимистого в деньгах или, наоборот, того, кто постоянно носил с собой кошелёк с мелочью. Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с тюркскими языками: в некоторых тюркских наречиях «пан» означает «господин», а «паньга» могло быть искажённой формой почтительного обращения. Но для русского ономастикона более убедительна славянская диалектная версия, подкреплённая географией бытования.

Фамилия не относится к дворянским: Паньгины — это преимущественно крестьянский род, выходцы из северных деревень. В документах XVIII–XIX веков встречаются записи о крестьянах Паньгиных из Шенкурского уезда Архангельской губернии. Сейчас фамилия остаётся немногочисленной, но сохраняет связь с северорусской народной культурой и бытом, где мелкая монета и деревянная утварь были частью повседневной жизни.