Мужское крестильное имя Панкрат (Панкратий) в переводе с древнегреческого означает «всевластный, всемогущий». В основу фамилии легла производная форма имени, образованная путем перестановки букв — Паникар (Панкрат < Паникрат < Паникар). Скорее всего, основатель рода Паникаровых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Паникар, со временем получил фамилию Паникаров.